很快，亲俄派为首的几个人被捕入狱，只是密函还是没有下落，袁世凯就让朝鲜官员向国王建议让国王发公文宣布密函为假，以防俄国人今后借密函之事做文章。
此时，唐绍仪带来消息，他从日本使馆听说，国王确实派人送过密函给俄国，派去的那个人，前一天晚上已落水身亡。
袁世凯大为震惊，觉得国王两面三刀。于是把这件事情发电报给李中堂，并且向李中堂建议废黜国王，令立贤者。
废王之事非同小可，李鸿章派几名官员，以修电线的名义前来朝鲜查看情况。他们评估了朝鲜现在的局势，以及发起政变带来的影响，决定不支持新的政变，但是对袁世凯的运筹帷幄给予了极大赞赏。
过几天，朝鲜国王向各国使馆发了照会，称请求俄国相助的密函为小人伪造，不具效力，还专门强调了和大清的藩属关系。袁世凯将这个结果上报李鸿章后，收到回复说要求朝鲜国王在关于与清朝的藩属关系声明上加盖王印。
看到这样的回复，袁世凯觉得朝廷对这件事情非常重视，再加上密函事件真假未定，他说服国王派大臣带公文亲自赴清朝向李鸿章解释，袁世凯想到的第一人选就是闵泳翊，毕竟密函之事由他而起。
然而闵泳翊到中国后，给李鸿章发了一封电报，电报里表明自己的为难，一方面不忍背叛国王，另一方面又不忍欺骗李鸿章，并没有去天津拜会，而是逃去了上海。