2.工商部门可以采取的行政手段并不多
《反不正当竞争法》第25条规定，违反该法侵害商业秘密的，“监督检查部门应当责令停止违法行为，可以根据情节处以1万元以上20万元以下的罚款。”
除此之外，《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》还规定工商部门可以对侵权物品可以作如下处理：①责令并监督侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人；②监督侵权人销毁使用权利人商业秘密生产的、流入市场将会造成商业秘密公开的产品。但权利人同意收购、销售等其他处理方式的除外。
此外，因被申请人违法披露、使用、允许他人使用商业秘密给权利人造成不可挽回的损失的，应权利人请求并由权利人出具自愿对强制措施后果承担责任的书面保证后，工商行政管理机关可以：①扣留被申请人以不正当手段获取权利人的载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料；②责令被申请人停止销售使用权利人商业秘密生产的产品。
3.工商部门查处需要的时间比较长
根据《工商行政管理机关行政处罚程序规定》的规定，一般的案件应当自立案之日起90日内做出处理决定；案情复杂，不能在规定期限内做出处理决定的，经工商行政管理机关负责人批准，可以延长30日；案情特别复杂，经延期仍不能做出处理决定的，应当由工商行政管理机关有关会议集体讨论决定是否继续延期。案件处理过程中听证、公告和鉴定等时间不计入前款所指的案件办理期限。但是，在实际办案过程中，由于调查取证难度较大，所花费的时间较长，动辄几个月甚至长达一二年。所以，希望通过工商部门保护商业秘密的企业一定对此做好心理准备。