六、在每年的考核过程中，对书院的教员以及学子必须严格地监督，不能出现私自包庇的现象。一旦有碌碌无为、荒废学业者，立刻开除，不得纵容。如果被开除的学子传播流言或者想私自进行报复，那么就立即查出证据，交由朝廷严惩。
七、学子文理不通，考试不及格，接受助学银超过十年以上者，全部派到周围地区衙门充当胥吏；接受助学银六年以上者，派到本地衙门充当胥吏。
对张居正拟定的这些条例，神宗皇帝十分赞成。因此，神宗皇帝立即下旨，要求相应的部门按照这些条例执行。如果有不按此执行者，立刻罢黜，而且绝不能徇以私情。
张居正想彻底改善教育体系，但条例上面的措施却明显力度不够。于是，在万历七年（1579年）正月，张居正再一次上奏要求整顿教育风气，而这次的手段更加严厉了——张居正要求全国的私立书院都要禁止开办。因为当时张居正得到可靠的消息，有一个叫施观民的人违背朝廷的旨意，私自开办学院，并且利用这个机会为自己聚敛财富。而张居正也借此称私自开办的学院普遍出现这种徇私枉法的行为，于是所有私人建立的书院，全部被查封。同年的七月和十月，张居正又两次下发公文——不许私人创办学院，一旦发现，立即严惩不贷。接着，神宗皇帝下达旨意，取缔了全国六十四处学院，很多在历史上非常有名气的书院也在这个时候终止了教学。当时张居正在推行政策时，非常独断专行，以致张居正的这些做法遭到了很多读书人的反对。其中，一个叫何心隐的人反对得最为强烈。